Una chiesetta di Santa Lucia esisteva già nel medioevo fuori delle mura, lungo una strada che da San Severo portava a Casalenuovo, un antico abitato. Aspre contese ci furono per il possesso di questa chiesa, che infine divenne una chiesa dipendente dalla parrocchia di Santa Maria. Fu edificata nella seconda metà del Seicento su un terreno prossimo al distrutto convento di Santa Sofia. Verso il 1742, la congregazione del SS. Sacramento fu trasferita dalla cattedrale alla chiesa di Santa Lucia; i membri congregazione vestivano durante le funzioni il camice bianco con mozzetta rossa, con sul petto la medaglia del SS. Sacramento.